U travnju 2008., Richard Holbrooke je tvrdio da "da nije bilo Daytonskog mirovnog sporazuma, vjerojatno bi 11. rujan bio planiran u Bosni, a ne u Afganistanu."

Brojne bosanske veze s oba napada na Svjetski trgovinski centar sugeriraju da je situacija bila vjerojatno čak i ozbiljnija nego što je Holbrooke shvaćao. Prema svjedočenju bivšeg operativca Al Qaede Ali Hamada, tijekom Izetbegovića, operativci Al Qaede u Bosnu su dolazili s "državnom zaštitom" , a i američka i saudijska vlada optužile su njegovu vladu  za davanje putnih isprava poznatim teroristima, objavljeno je 2014. na stranicama American centar for democracy.

Kako i zašto je Bosna postala ono što je vjerojatno glavno sigurno utočište i operativna baza Al-Qaede u Europi, komplicirana je priča, o kojoj rat u Bosni devedesetih godina sigurno igra veliku ulogu.

Bosanske veze s najvećim masovnim ubojstvom u američkoj povijesti jednako su izravne.  Prema Izvješću  zajedničke Komisije američkog Senata i Kongresa neposredno nakon terorističkih napada 11. rujna čak šestorica napadača na Svjetski trgovinski centar u New Yorku bili su pripadnici odreda El Mudžahid, ili su nakon rata bili obučavani u kampovima na teritoriji BiH.

Khalid Sheikh Muhammed, vođa napada 11. rujna, borio se u bosanskom džihadu i dobio je bosansko državljanstvo. Dva druga bombaša iz 11. rujna, Khalid al Mindhar i Nawaf al Hamzi, također su se borili u Izetbegovićevoj vojsci.

Halid Al Midhar, pilot koji se zrakoplovom zabio u WTC u New Yorku i Muhamed Ata, koji poginuo tijekom terorističkog napada, bili su pripadnici Odreda El Mudžahid i imali su putovnicu BiH, navedeno je u Izvještaju zajedničke Komisije američkog Senata i Kongresa neposredno nakon terorističkih napada 11. rujna, tvrdi za “Glas Srpske” Dževad Galijašević, ekspert za borbu protiv terorizma.

On je naglasio da je ovaj izvještaj završen praktično tek u ožujku 2004, i da je utvrđeno da je i drugi pilot, Navak Elhamzi, također sudjelovao u ratu u BiH kao pripadnik Odreda El Mudžahedin.

I Zijad Jarah, jedan od 19 napadača na SAD, također je bio pripadnik Odreda El Mudžahedin – tvrdi Galijašević. Nakon što je 2002. u Pakistanu uhićen Halid Šeik Muhamed, „mozak” terorističkih napada i Remzi Bin Elsibiha, zaokružen je popis terorista koji su imali izravne ili posredne veze s BiH.

“Dakle šest osoba, odnosno trećina svih napadača na SAD 11. rujna, bilo je izravno povezano sa BiH jer su bili pripadnici Odreda El Mudžahedin ili su imali bh putovnice koji su tek u trećoj reviziji oduzeti”, tvrdi Galijašević.

Osnovna skupina koja je stajala iza napada 11. rujna bila je takozvana "Hamburška ćelija" , koju je vodio bosanski veteran džihada Mohammed Haydar Zammar, navodno čovjek koji je regrutirao Mohammeda Attu, vođu napada 11. rujna prenosi ACD.

Zammar je različito opisan kao "zaštitnik" Hamburške ćelije, čovjek "pod čijom je skrbništvom" djelovao  i "vrsta surogat oca pilotima koji okružuju Mohammeda Attu."

Ramzi Bin al- Shibh, "koordinator" napada 11. rujna, viđen je u Bosni u ljeto 1996. Izvještava se da su ostali sudionici 11. rujna imali i bosanske veze.

U prosincu 2013., Apelacijski sud SAD-a za drugi distrikt obnavljao je tužbu 9/11 obitelji i žrtava koji su Saudijsku visoku komisiju za pomoć Bosni i Hercegovini imenovali okrivljenikom u predmetu koji su pokrenuli američki savezni sud.

Prema nedavnom austrijskom obavještajnom izvješću, pokret u kojem raste militantni islamizam u jugoistočnoj Europi, vehabijski pokret, nastavlja rasti u Bosni i gradi nove zajednice a jedna procjena sugerira da je Bosna pridonijela više volontera za sirijski džihad (po glavi stanovnika) od bilo koje druge zemlje u Europi, objavlio je American centar for democracy.